Esta Misión Jesuítica fue fundada en el año 1.610 en el Guayrá, por los Padres José Cataldino y Simón Masseta, en 1655 como consecuencia de las invasiones de los mamelucos se trasladó a Paranaimá; en mayo de 1695 fue nuevamente trasladada al actual lugar. Se la denominó San Ignacio Miní para distinguirla de la de San Ignacio Guazú fundada con anterioridad.
En la actualidad se mantiene en mejor estado de conservación gracias a importantes trabajos de restauración que se llevaron a cabo en la misma.
En su época de mayor apogeo ésta Misión llegó a contar con más de 3300 habitantes y su estrecha relación con el río Paraná le permitió mantener un constante intercambio con las otras reducciones.
Las Ruinas Jesuíticas de la Misión de San Ignacio Miní fueron declaradas Patrimonio Mundial de la Humanidad por la UNESCO en el año 1984. Completando el conjunto de las ruinas y a modo de soporte se encuentra el centro de interpretación de la cultura Jesuíta-Guaraní.